Le Genjutsu est un style de combat qui utilise les illusions d'optique. Les ninjas qui maîtrisent le Genjutsu peuvent tromper leurs adversaires en jouant sur l'environnement, l'hypnose, etc... Le ninja peut alors dominer son adversaire en le contrôlant ou le faisant paniquer.
Il existe des techniques qui peuvent les annuler, et les ninjas confirmés sont plus ou moins capables de les détecter. Cela dépend évidemment de la puissance du jutsu utilisé.

Nan no Kaizou
Utilisateurs :

Permet de se mettre dans la peau d'un serpent et donner l'illusion d'avoir si os ni articulations.

Nehanshouja
Utilisateurs : Kabuto

L'utilisateur pratique une illusion avec des plumes qui endort l'ennemi, seul les personnes qui connaisent le Genjutsu peuvent en échapper.